「ごめんなさい」と同じような意味合いで使う「勘弁してください」という言葉の「勘」は「調べる」、「弁」は「見分ける」という意味があります。
お師匠さん(先生)が、弟子(生徒)と個人面接を行い、その考えや心のはたらきとかを調べ、見きわめること。その上で、これならば合格ということになれば、ちょうど自動車でいう運転免許証みたいなものが下りることになる。おそらくそのあたりから「勘弁する」は「許す」を意味するようになったのでしょう。
「もういいかげんに勘弁してくださいよ」というのは、「もうこれだけ悪かったと反省しているんですから、その私の心を見きわめて、これでよしという許可を下ろしてください」ということであり、「いいや、勘弁ならない」というのは「おまえのやったことは、とんでもなく悪いことだ。おまえの心の中がどうであろうと、そんなことにかまってはいられない。おれは本当に怒っているんだぞ」ということになる。なにげなく使っている言葉ですが、なかなか心理的なかけひきを含んでいますね。
静岡県成道寺　伊久美 清智師 著より